El Distrito de Puerto Eten fue creado el 12 de diciembre del año 1906 mediante dispositivo Nº 448, emitido por el Gobierno nacional de aquel entonces. Los Distritos de Puerto Eten y Ciudad Eten tienen un origen común; ambos conformaban un solo pueblo estando ubicados a una distancia equidistante el uno del otro; de ello hoy sólo quedan los restos de una capilla construida aproximadamente el año 1520. El año 1649, como producto de unas tempestades de arena que cubrieron todo el pueblo, los pobladores emigraron hacia lugares más seguros dentro del distrito. La población agrícola partió hacia el noroeste y los pescadores marcharon hacia el sur del distrito, cerca de las faldas del morro Eten. Este acontecimiento provocó el posterior nacimiento de los distritos Puerto Eten y Ciudad Eten.